Футбольний клуб "Жемчужина" був заснований у серпні 2013 року.
Протягом трьох сезонів ФК "Жемчужина" є регулярним учасником Чемпіонатів Одеси з футболу серед аматорів.
Найвищим досягненням в історії клубу є 1-е місце в Зимовій першості Одеси серед аматорів сезону 2014/2015.
У 2015 "Жемчужина" дебютувала в Чемпіонаті України серед аматорів і вийшла у фінальну частину розіграшу.
У 2016 "Жемчужина" зайняла друге місце в груповому раунді Чемпіонату України серед аматорів і вийшла до чвертьфіналу, де поступилася у двоматчевій дуелі ФК "Врадіївка".
У червні 2016 клуб отримав Атестат, який дозволяє приймати участь у Чемпіонаті Другої ліги України з футболу серед професійних команд.